För några år sedan verkade det som om att torskbeståndet i Östersjön hade återhämtat sig. 2011 kunde Östersjötorsken till och med bli miljöcertifierad av Marine Stewardship Council (MSC). Snart visade det sig dock att den ökning av torsk som forskarna noterat inte stämde överens med vad yrkesfiskarna upplevde ute på havet. De lyckades inte fylla sina fiskekvoter för torsk (den mängd fisk de tillåts fiska).
Det visade sig att forskarna hade rätt i att östersjötorskarna hade blivit fler, men samtidigt hade fiskarna i beståndet blivit mindre och magrare. Östersjöns torskbestånd hade förändrats i sin biologiska sammansättning under en onaturligt kort tid. 2015 drogs MSC-märkningen av östersjötorsken tillbaka.
Tidigare blev östersjötorsken könsmogen vid en storlek på ungefär 40 centimeter. Bland annat genom ett onaturligt högt fisketryck har torsken stressats till att nu bli könsmogen redan vid cirka 20 centimeter. Det innebär att östersjötorsken aldrig riktigt växer till sig eftersom all energi läggs på förökning, snarare än tillväxt. Avsaknaden av stora torskar i ekosystemet innebär att andra arter som annars regleras av torsken också påverkas.
En tydlig effekt är att plattfiskbestånden blir större. Detta genererar i sin tur negativa effekter för de mindre torskarna eftersom plattfiskarna, precis som dem, äter bottenlevande djur. Därmed ökar konkurrensen om födan. Tillväxten hos de mindre torskarna begränsas alltså ytterligare på grund av brist på föda. Detta skapar en ond spiral där östersjötorsken blir mindre och mindre. Detta handlar om en evolutionär process som har gått onormalt snabbt och nu får allvarliga konsekvenser för balansen i hela havets ekosystem.
Torsken kräver vissa särskilda förhållanden i vattnet för att kunna föröka sig. Förr förökade sig östersjötorsken på tre platser i Östersjön. På grund av olika miljöfaktorer och ett onaturligt högt fisketryck är idag torskens lekområden begränsade till ett enda lekområde.